Среди основных причин неэффективности системы участники рынка называют отсутствие контроля за фиксацией сведений о движении алкоголя в ЕГАИС всеми производителями, отсутствие заинтересованности разработчика ЕГАИС в стабильном развитии и эксплуатации системы и наличие сбоев, приводящих к остановке предприятий. Некоторые предприятий связывают неэффективность ЕГАИС с тем, что с начала 2008 года из-под ее контроля вывели "оптовое звено". Отдельные участники рынка предлагают переориентировать систему на контроль и учет розничных продаж, сообщает "Интерфакс".

Для повышения качества ЕГАИС предлагается дополнить систему функцией по формированию отчетов по остаткам марок и готовой продукции и обеспечить информационный обмен между обособленными подразделениями одной организации.

Для снижения затрат участники рынка предлагают установить фиксированные наценки и демонополизировать услуги по сопровождению программных средств ЕГАИС.