Венский университет был основан 12 марта 1365 года герцогом Рудольфом IV, а также его братьями Альбрехтом III и Леопольдом III. Своё название Alma Mater Rudolphina университет получил благодаря своему основателю. После Карлова университета в Праге и Ягеллонского университета в Кракове Венский университет является третьим старейшим высшим учебным заведением Центральной Европы, а также старейшим университетом в немецкоязычном пространстве. Для полноценного функционирования университета понадобилось, однако, ещё около двадцати лет. Для полноценной работы университета герцогу Альбрехту III пришлось переманить из Сорбонны в Вену профессорско-преподавательский состав, а также заручиться поддержкой католической церкви в деле открытия теологического факультета. В итоге в 1385 году было открыто первое университетское здание. До конца Средневековья университет постоянно развивался и к 1450 году насчитывал около 6 000 студентов. Осада Вены турками привела, однако, несколькими десятилетиями позже к практически полному краху университета: в некоторые годы XVI века там обучалось всего лишь около 30 студентов. Реформирование университета произошло лишь при Марии Терезии и Иосифе II в 1749 году. В 1897 году к процессу обучения в университете были впервые допущены женщины, первоначально только на философском факультете. Остальные факультеты открыли свои двери для студенток несколькими годами позже: в 1900 году на медицинском факультете, в 1919 году на юридическом, в 1923 году на протестантско-теологическом факультете и, наконец, в 1946 году на католико-теологическом факультете. В 1905 году Элизе Рихтер стала первой женщиной в истории университета, которая получила степень доктора наук.