После смерти 17-летноге короля Ладислава I (1457), престол Чехии освободился, паны собрались на сейм для выбора нового. Регент пообещал, что в случае его избрания имущество, в первую очередь былые владения церкви, перешедшие в иные руки во времена гуситской революции, останутся у нынешних владельцев. В результате 2 марта 1458 года на заседании сейма в пражской Староместской ратуше бургграф (наместник) чешской столицы Зденек из Штернберка, еще недавно противник Йиржи, преклонил перед ним колени и провозгласил: «Да будет господин регент королем нашим!». Члены сейма откликнулись одобрительными возгласами. Йиржи из Подебрад стал королем Чехии.
Чтобы заручиться согласием папы на свою коронацию, Йиржи из Подебрад решился привлечь папскую курию обещанием содействия восстановлению в Чехии католицизма путем церковной унии. Папа Пий II, пытаясь принудить Йиржи к действию, отменил Пражские компактаты 1436 года, под тем предлогом, что они касались лишь «одного поколения» гуситов и в нынешней ситуации недействительны. Заигрывание короля с Римом встретило открытую оппозицию в рядах утраквистов, которые заставили его в 1461 году торжественно обязаться сохранить гуситские обряды. Папа объявил чашников еретиками, но на дальнейшее обострение не пошёл, по настоянию императора Фридриха III, обязанного Йиржи своим спасением из Венского замка и находившегося с ним в союзе против венгров.
Новый папа, Павел II, после неудавшейся попытки возобновить переговоры (со стороны Йиржи их вёл Ян из Рабштейна) предал в 1461 году Йиржи отлучению и велел проповедовать против него крестовый поход. Йиржи одержал верх над нестройными толпами крестоносцев; но, когда он поссорился и с императором, последний призвал против него бывшего близкого союзника Йиржи, венгерского короля Матьяша Корвина (Хуньяди), который в качестве исполнителя папского отлучения захватил большую часть Моравии.
Католическое дворянство Моравии оказало поддержку Матьяшу. В Оломоуце в 1469 году Матьяш Корвин провозгласил себя чешским королем, заставив присягнуть себе Моравию, Силезию и Лужицы. Будучи политическим реалистом, Йиржи созвал в Праге сейм, от которого потребовал избрания себе в преемники наследника польского престола Владислава Ягеллона, приходившегося по матери племянником Ладиславу (Уласло I), с тем, чтобы собственные сыновья Йиржи наследовали его частное имущество, и сейм повиновался. После этого Польша тотчас же встала на сторону Чехии, с которым тогда же примирились и император и собственные католические подданные, так что и венгерский король был вынужден начать переговоры. Но ещё до заключения мира с венграми Йиржи из Подебрад скончался в 1471 году. Двое его сыновей, Виктор и Гинек Жебицкие, впоследствии в качестве рядовых подданных предоставили свои услуги чешской короне.
В своих действиях Йиржи показал последовательную религиозную умеренность, стремление найти компромисс между католиками и гуситами, умение поддерживать мир в стране.