Конец XIII века стал для Шотландии серьёзным испытанием. После смерти в 1286 году короля Александра III не осталось прямых наследников мужского пола и королевой была объявлена Маргарита, внучка Александра III, рождённая его дочерью, вышедшей замуж за короля Норвегии Эйрика II. Король Англии Эдуард I попытался вновь обрести контроль над Шотландией, и настоял на заключении брака между его сыном, будущим королём Эдуардом II и королевой Маргаритой, несмотря на её малый возраст. Но ни свадьбы, ни даже коронации королевы Маргариты не состоялось, по дороге девочка простудилась и не достигнув шотландской земли умерла на Оркнейских островах. Так как прямая ветвь пресеклась, в 1290 году претензии на престол страны выдвинуло сразу несколько кандидатов, в том числе Иоанн Баллиоль, внук старшей дочери Давида Хантингдонского, брата королей Малькольма IV и Вильгельма I Льва, и Роберт Брюс, 5-й лорд Аннандейла, сын средней дочери Давида. Одним из претендентов был и Эдуард I, являвшийся потомком Матильды Шотландской. Но, английский король, понимая свои невысокие шансы на избрание, предпочёл возглавить суд для рассмотрения «Великой Тяжбы». В 1292 году Эдуард I вынес решение в пользу Иоанна Баллиоля, и 30 ноября 1292 года Иоанн был коронован королём Шотландии. В качестве благодарности за поддержку Иоанн I Баллиол признал сюзеренитет Англии. Несмотря на коронацию, права Иоанна на престол отказались признать часть шотландских баронов во главе с Робертом Брюсом, лордом Аннандейла. А Эдуард I начал обращаться с Шотландией как с вассальной территорией, вынуждая Иоанна выступать в английских судах в качестве ответчика по шотландским искам и размещая английские гарнизоны в шотландских крепостях. В целях ослабления зависимости от Англии Иоанн Баллиоль в 1295 году возобновил союз с Францией и Норвегией и открыто выступил против Эдуарда I. В ответ на эти действия Эдуард I объявил Иоанна I Баллиола мятежным вассалом. В 1296 году английская армия вторглась на территорию Шотландии и наголову разбила шотландцев в битве при Спотсмуре и относительно легко завоевала всю страну. Иоанн был пленён и подписал 10 июля 1296 года отречение от престола Шотландии, он был лишён рыцарского достоинства и гербов — от этого его последующее прозвище «Пустой плащ». На правах сюзерена, отказавшегося от лена вассала, Эдуард I объявил себя королём Шотландии, в результате чего страна потеряла независимость. Режим установленный английскими властями был столь жесток что уже в 1297 году шотландцы подняли восстание, которое возглавили Уильям Уоллес и Эндрю де Морей, английская армия в битве на Стерлингском мосту была разгромлена. Но к сожалению Эндрю де Морей получил в этой битве серьёзные раны и вскорости скончался. Шотландия была освобождена от английских войск, а Уильям Уоллес был избран Хранителем Шотландии. Эдуард I был взбешён сопротивлением шотландцев, следующее вторжение возглавил лично и в 1298 году в Фолкеркской битве разбил шотландцев. Уильям Уоллес был вынужден бежать и скрываться. Позднее в 1305 года он был предан шотландским рыцарем Джоном де Ментейсом, арестован англичанами, обвинён в государственной измене, которую не признал, так как не считал английского короля своим королём и 23 августа казнён в Лондоне. Его тело было разрублено на части, которые были выставлены в крупнейших городах Шотландии. После Фолкеркской битвы сопротивление возглавили потомки претендентов на престол Шотландии во время «Великой Тяжбы» Рыжий Комин и будущий король Роберт I Брюс, остававшиеся соперниками в стремлении завладеть престолом Шотландии. Брюс устранил соперника, убив его в церкви во время встречи и взошёл на престол как король Роберт I 25 марта 1306 года. После длительной и напряжённой войны он одержал окончательную победу над англичанами в битве при Бэннокберне в 1314 году. Войска английского короля Эдуарда II были разбиты, а сам король бежал и не слезал с коня до самой английской границы. Но после смерти Роберта I Брюса война за Шотландию вспыхнула вновь (1332—1357), в ней Эдуард Баллиоль, поддержанный королём Англии Эдуардом III, оспаривал трон у наследников Роберта I Брюса.