Настоящую известность Акко принесла эпоха крестовых походов. В 1104 году после Первого крестового похода был завоеван Балдуином I. В 1187 году Саладин взял город почти без боя, но уже в 1191 году во время 3-го крестового похода после двухлетней осады Акко был отвоеван войсками крестоносцев под командованием французского короля Филиппа Августа и английского короля Ричарда Львиное Сердце. Город стал столицей Иерусалимского королевства крестоносцев в Палестине и был окружён мощными оборонительными сооружениями. Город получил новое название — Сен-Жан д’Акр. Военные рыцарские ордена госпитальеров, тамплиеров, а позднее и Тевтонский орден обрели в Акко собственные кварталы. Они строили здесь жилые дома, склады, больницы, церкви и административные здания. В разных концах города выросло более 40 церквей и 23 монастыря. Ни один город крестоносцев не дошёл до наших дней в таком сохранном состоянии, как Акко. В 1260 в Акко переезжает парижская иешива рабби Иехиэля из Парижа вместе с 300 учениками. Иешива обосновывается в Акко, что сделало город одним из важных центров еврейской учёности. Госпитальеры, тамплиеры, Тевтонский орден, купцы Генуи, Венеции и Пизы, проживавшие в городе-крепости, постоянно спорили за сферы влияния. В 1256 году между венецианцами и генуэзцами вспыхнул вооружённый конфликт, известный как Война святого Саввы, в который позднее были втянуты и рыцари обоих орденов. И в 1291 году раздираемый междоусобицами город крестоносцев прекратил своё существование после его штурма войсками мамлюков под предводительством султана аль-Ашраф Халиля. Мамлюки разрушили Акко и вырезали большую часть его христианского и еврейского населения. При осаде города были разрушены церковь и монастырь, погибли 14 аббатов и более 60 послушников. Город был восстановлен лишь в середине XIV века.