Вернувшись во Флоренцию, Савонарола занялся приведением в исполнение своей мечты — нравственного и государственного преобразования Флоренции. Сначала он занялся реформой монастыря Сан-Марко. Он продал церковное имущество, изгнал всякую роскошь из монастыря, обязал всех монахов работой. Для успеха проповеди язычникам Савонарола учредил кафедры греческого, еврейского, турецкого и арабского языков. Александр VI пытался привлечь Савонаролу на свою сторону, предлагая ему сначала архиепископство во Флоренции, потом кардинальскую шапку; но Савонарола не прекращал своих обвинений против Рима и папы. В 1494 г. французский король Карл VIII вступил в Италию и в ноябре прибыл во Флоренцию. Пьеро ди Лоренцо Медичи был изгнан как изменник; во главе посольства к французскому королю был поставлен Савонарола. В это тревожное время Савонарола стал настоящим повелителем Флоренции; под его влиянием во Флоренции были восстановлены республиканские учреждения. Против него были «беснующиеся» (arrabiati), приверженцы аристократического республиканского правления, и «серые», стоявшие за Медичи. В проповедях Савонарола никого не щадил и потому имел много врагов как в светской среде, так и среди духовенства. Сначала его обвиняли в том, что он вмешивается в светские дела; потом начали критиковать ту проповедь, где Савонарола говорил о гневе Божием, висящем над князьями и прелатами. По приказанию папы Савонарола должен был удалиться в Лукку, но его прощальная проповедь так потрясла слушателей, что они уговорили папу отсрочить высылку Савонаролы. Против Савонаролы не раз выставляли других проповедников; не раз папа запрещал ему проповедовать, но слава Савонаролы проникла даже за пределы Италии: его проповеди переводились на иностранные языки (даже на турецкий, для султана). Между тем Карл VIII, покинув Неаполь, решил направиться через Флоренцию вместе с Пьеро ди Лоренцо Медичи, который хотел восстановить свою власть. Город вооружился; во главе движения стал Савонарола, отправился в лагерь французов и произнёс смелую речь, грозя Карлу карой Божией, если он посягнет на свободу Флоренции. Под влиянием Савонаролы союз с Францией не был расторгнут, а отнятые у Флоренции города (кроме Пизы) были ей возвращены. Интригам Пьеро ди Лоренцо Медичи против Савонаролы помогали герцог Миланский, кардинал Асканио Сфорца и Мариано Дженнацаио, потерявший из-за Савонаролы репутацию лучшего проповедника. Враги Савонаролы восстановили против него папу, который пригласил Савонаролу в Рим; но тот под предлогом болезни отказался, продолжая свои обличительные проповеди. Доминиканцы, которым папа поручил рассмотреть содержание проповедей Савонаролы, не нашли в них основания для обвинения Савонаролы в ереси, и папа опять предлагал ему сан кардинала. После удаления французской армии для республики настали тяжёлые времена: свирепствовали болезни, начался голод, финансы были истощены; герцог Миланский призвал против Флоренции императора Максимилиана, который осадил Ливорно. Синьория умоляла Савонаролу успокоить народ. Савонарола устроил процессию, чтобы поднять народный дух, истощенный многочисленными невзгодами, несмотря на то, что папа снова запретил ему проповедовать (28 октября). Случайное спасение Ливорно было, в глазах народа, чудом; доверие флорентийцев к предсказаниям Савонаролы усилилось. Во главе синьории стоял преданный Савонароле Франческо Валори; народная партия торжествовала. Пользуясь этим, Савонарола задумал нанести решительный удар «беснующимся». Он организовал отряд мальчиков, которые врывались в знатные дома с целью следить за исполнением 10 заповедей, бегали по городу, отбирая игральные карты, кости, светские книги, флейты, духи и тому подобные вещи; потом все это предавалось торжественному сожжению на так называемом «костре тщеславия». Светская литература гуманизма и возрождавшаяся классическая древность нашли в лице Савонаролы непримиримого врага; он даже доказывал вред науки вообще. В среде разгульной молодежи возникло общество (Compagnacci), задавшееся целью убить Савонаролу в праздник Вознесения, но друзья и на этот раз спасли Савонаролу. Потом «беснующиеся» произвели переполох в церкви во время проповеди Савонаролы, не дав ему закончить речи, а 12 мая 1497 г. папа Александр VI, назвав учение Савонаролы «подозрительным», отлучил его от церкви. Савонарола протестовал; 19 июня появилось его «Послание против лживо испрошенной буллы об отлучении», где он отказывался повиноваться отлучению, «противному христианской любви и заповедям Господним», и заявлял, что несправедливо отлученный имеет право апеллировать ко Вселенскому собору. В это время Савонарола выпустил в свет своё знаменитое сочинение «Триумф Креста», в котором дана блестящая защита истины католического вероучения, объяснены догматы и таинства католической церкви. В последний день карнавала 1498 г. Савонарола совершил торжественное богослужение и «сожжение анафемы». Тогда папа прислал бреве, где требовал отправки Савонаролу в Рим или заключения его в тюрьму, угрожал интердиктом всей Флоренции и отлучал всех, кто будет говорить с Савонаролой или слушать его. Однако, синьория долго не решалась тронуть Савонаролу; проповеди его продолжались, он развивал мысль о необходимости созвать Вселенский собор, так как папа может заблуждаться. В это же время появилось сочинение Савонаролы «О правлении и законодательстве города Флоренции». После второго папского бреве синьория запретила Савонароле проповедовать; 18 марта он простился с народом. Он написал «Письмо к государям», в котором убеждал их созвать Вселенский собор для низвержения Папы. «Письмо» было послано сначала к французскому королю Карлу VIII, но было перехвачено и попало в руки Папы. Флоренция взволновалась. Чтобы испытать справедливость учения Савонаролы, был назначен суд Божий — испытание огнем. Это была ловушка, устроенная «беснующимися» и францисканцами. Савонарола и монах-францисканец должны были пройти 7 апреля среди костров, но испытания огнем не состоялось. Народ разочаровался в своём пророке, обвиняя его в трусости. На другой день монастырь Сан-Марко был осажден разъяренной толпой; Савонарола вместе с его друзьями, Доменико Буонвичини и Сильвестро Маруффи, был взят и заключён в темницу. Папа учредил следственную комиссию из 17 членов, выбранных из партии «беснующихся». Допросы Савонаролы и пытки велись самым жесточайшим образом; его пытали по 14 раз в день, заставляли впадать в противоречия допросами, упреками и угрозами вынудили признаться, что все его пророчества — ложь и обман. За время следствия, которое велось около месяца, Савонарола написал в тюрьме несколько сочинений: «Размышление о псалме 51», где он нападал на папу и духовенство, «На Тебя, Господи, уповаю» и «Руководство к христианской жизни». Последнее сочинение написано Савонаролой за несколько часов до смерти на переплёте одной книги, по просьбе тюремщика. 22 мая ему был объявлен смертный приговор; 23 мая 1498 г. при огромном стечении народа он был повешен, а потом тело его сожжено. Учение Савонаролы было оправдано Павлом IV, а в XVII в. в его честь был учрежден один из обрядов во время таинства ведения католической службы. В 1875 г. Савонароле поставлен памятник в Ферраре; статуя его, как одного из предшественников Реформации, входит в состав памятника Мартину Лютеру в Вормсе. В оценке значения деятельности Савонаролы мнения расходятся. Одни, идеализируя его честность, прямоту и широкие планы, видят в нём реформатора, обличавшего пороки церкви; другие напоминают, что он жил средневековыми идеями, не создал новой церкви и был сторонником строгих католических догматов.