3 июля 1996 года в ходе всенародных прямых открытых выборов в два тура избран президентом России на второй срок. С 7 мая 1992 года- Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами Российской Федерации. Возглавлял Совет Безопасности и Совет обороны РФ. Воинское звание - полковник. С декабря 1993 до 2000 года был председателем Содружества Независимых Государств. 31 декабря 1999 года в 12 часов 00 минут года Борис Николаевич Ельцин добровольно прекратил исполнение полномочий президента Российской Федерации и передал полномочия президента председателю правительства Владимиру Путину. Борис Ельцин выступил с обращением к жителям России, в котором сообщил о своем уходе с поста президента раньше положенного срока. По его словам, он понял, что ему необходимо это сделать, так как Россия должна войти в новое тысячелетие «с новыми политиками, с новыми лицами, с новыми, умными, сильными, энергичными людьми. А мы, те, кто стоит у власти уже многие годы, мы должны уйти». Также в обращении Борис Ельцин отметил: «Посмотрев, с какой надеждой и верой люди проголосовали на выборах в Думу за новое поколение политиков, я понял: главное дело своей жизни я сделал. Россия уже никогда не вернется в прошлое». По его словам, он не должен мешать естественному ходу истории, а у страны есть сильный человек, способный быть президентом. 5 апреля 2000 года первому президенту России Борису Ельцину были вручены удостоверения пенсионера и ветерана труда. Борис Ельцин - автор книг «Исповедь на заданную тему», «Записки президента», «Президентский марафон».
Награжден орденом Ленина, двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом «Знак Почета», многими иностранными наградами. 12 июня 2001 года президент РФ Владимир Путин подписал указ № 696 о награждении Бориса Ельцина - первого президента Российской Федерации - орденом «За заслуги перед Отечеством» I степени «за особо выдающийся вклад в становление и развитие российской государственности». 23 апреля 2007 года Бориса Николаевича Ельцина не стало. Первый президент России скончался в Центральной клинической больнице в результате прогрессирования сердечно-сосудистой полиорганной недостаточности.