престол взошёл несовершеннолетний король Карл IX, а фактическая власть оказалась в руках его матери Екатерины Медичи. Гизы стали терять влияние, а Людовика Конде освободили и приблизили ко двору. Антуан Наваррский был назначен генерал-лейтенантом Французского королевства. Екатерина пыталась проводить политику веротерпимости и примирения между всеми религиозными конфессиями (Генеральные штаты в Орлеане 1560 и Понтуазе 1561, диспут в Пуасси 1561). В январе 1562 был издан Сен-Жерменский (Январский) эдикт, по которому гугеноты могли исповедовать свою веру за городскими стенами или в частных городских домах. Но Гизы и сторонники прежней власти, недовольные уступками протестантам и ростом влияния Конде, образовали т. н. «триумвират» (Ф. де Гиз — Монморанси — Сент-Андре). Триумвиры начали переговоры с католической Испанией о совместной борьбе против протестантов. 1 марта 1562 герцог де Гиз напал на совершавших богослужение гугенотов в местечке Васси в провинции Шампань. Было убито несколько человек и ранено около 100 участников собрания. Триумвиры захватили Карла IX и Екатерину Медичи в местечке Фонтенбло и вынудили их отменить Январский эдикт. После этого Конде и его сподвижник Франсуа д’Андело взяли Орлеан, превратив город в столицу гугенотского сопротивления. Был заключён союз с Англией, где в то время правила королева Елизавета I, которая оказывала активную поддержку протестантам всей Европы, и германскими протестантскими князьями. Триумвиры взяли Руан (май-октябрь 1562), помешав объединению сил англичан и гугенотов в Нормандии; во время этих боёв погиб Антуан Наваррский. Вскоре к Конде прибыло подкрепление из Германии, гугеноты приблизились к Парижу, но неожиданно вернулись обратно в Нормандию. 19 декабря 1562 у Дре принц Конде был разбит католиками и попал в плен; но протестанты убили вражеского маршала Сент-Андре и взяли в плен коннетабля Монморанси. Возглавивший гугенотов адмирал Колиньи вернулся в Орлеан. Гиз осадил город, но неожиданно для всех был убит гугенотом Польтро де Мере. После смерти Гиза стороны сели за стол переговоров. Ослабленные потерей своих лидеров, обе партии искали мира. Стремилась к этому и королева-мать Екатерина Медичи, после смерти короля Франциска доверившая управление государством умеренному канцлеру Мишелю де Лопиталю. В марте 1563 лидеры гугенотов и католиков при посредничестве Екатерины Медичи подписали Амбуазский мир, гарантировавший кальвинистам свободу вероисповедания в ограниченном кругу областей и владений. Его условия в главном подтверждали Сен-Жерменский эдикт.