На острове Хомонхом был устроен лазарет, куда перевезли всех больных. Свежая пища быстро вылечила моряков, и флотилия отправилась в дальнейший путь среди островов. На одном из них раб Магеллана Энрике, родившийся на Суматре встретил людей, говорящих на его языке. Круг замкнулся. Впервые человек обошёл землю. 7 апреля 1521 года экспедиция вошла в порт Себу на одноименном острове. Места были цивилизованные, и с европейцев даже попытались взять торговую пошлину. Испанцы отказались платить, а оказавшийся в городе мусульманский купец посоветовал радже не воевать с европейцами, и требование было снято. Началась оживлённая торговля. За железные изделия островитяне легко отдавали золото и продукты. Впечатлённый силой испанцев и их оружием, властитель острова раджа Хумабон соглашается отдаться под покровительство испанского короля и вскоре крестится под именем Карлос. Вслед за ним крестится его семья, множество представителей знати и простых островитян. Покровительствуя новому Карлосу-Хумабону, Магеллан пытался привести под его власть как можно больше местных правителей. Один из вождей острова Мактан Лапу-Лапу (Силапулапу) противился новым порядкам и не собирался отдаваться под власть Хумабона. Магеллан организовал против него военную экспедицию. Он хотел наглядно продемонстрировать местным жителям мощь Испании. Сражение оказалось неподготовленным. Из-за отмели суда и лодки не смогли подойти на близкое расстояние, чтобы эффективно поддержать десантный отряд огнём. Во время нахождения европейцев на Себу местные жители имели возможность изучить европейское оружие и его слабые стороны. Они быстро двигались, не давая европейцам прицелиться, и атаковали моряков в незащищённые доспехами ноги. Когда испанцы начали отступать, Магеллан был убит