В 1524 году проживавшие в Панаме конкистадоры Франсиско Писарро, Диего де Альмагро и священник Эрнандо де Луке начали завоевание Перу. В 1529 Писарро был назначен наместником вновь открытых земель. В 1531 Писарро с отрядом из 227 солдат отправился в третью экспедицию. Он воспользовался междоусобной борьбой за власть двух братьев-инков Атауальпа и Уаскара, и в 1533 занял столицу Перу — Куско. Писарро устроил суд над Атауальпой, обвинив его в мятеже против Уаскара, и казнил его. В 1535 Писарро основал город Лиму, ставший столицей Перу. Тем временем между Писарро и Альмагро вспыхнула борьба из-за захваченной территории, в результате Альмагро был убит в 1538, а Ф.Писарро в 1541. В 1544 было учреждено вице-королевство Перу, первым вице-королем стал прибывший из Испании Бласко Нуньес Вела. Он ввёл новый закон, по которому индейцы после смерти конкистадоров переходили в собственность не к их наследникам, а во владение испанской короны. Это привело к восстанию конкистадоров во главе с Гонсало Писарро (братом Франсиско Писарро). Войска вице-короля Велы были разбиты, а сам он убит. Но через два года Гонсало Писарро и его соратники были разбиты войсками нового вице-короля.