Поселения иезуитов были поделены между испанцами и португальцами и переданы в ведение гражданских властей. Испанцы хотели продолжать дело иезуитов, но это им не удалось; земли частью перешли во власть индейцев, начавших вновь дичать, и колония стала быстро падать, пока в 1776 году Ла-Плата вместе со всем Парагваем не была обращена в вице-королевство и не усилилась колонизация. В 1810 году из Буэнос-Айреса, освободившегося от испанского владычества, было послано войско под начальством Бельграно, на обязанности которого лежало возбудить в Парагвае восстание. Но парагвайское население не захотело последовать примеру Буэнос-Айреса, тем более, что солдаты Бельграно занимались грабежом деревень. Наскоро набраны были войска, которые разбили Бельграно и принудили его к отступлению. Однако брошенная им искра разгоралась и в Парагвае; составился заговор, во главе которого стоял испанец, генерал Каваньяс; заговорщики арестовали губернатора Веласко и созвали конгресс, избранный всеобщим голосованием. Конгресс назначил хунту, долженствовавшую управлять, однако, именем короля Фердинанда. Душой хунты был метис из Бразилии, доктор Франсия. Хунта добилась признания независимости Парагвая со стороны Буэнос-Айреса (1811), независимость же от Испании была фактически гарантирована арестом испанских должностных лиц и отдаленностью от метрополии. Подражая Наполеону, Франсия заставил избрать себя сперва первым из двух консулов (1813), потом диктатором с неограниченными полномочиями на 3 года (1814) и, наконец, пожизненным диктатором (1817). Управление его до самой его смерти (1840) было крайне деспотическое. Аресты и смертные казни следовали одни за другими; заговоры и вооружённые восстания были подавляемы с большой жестокостью. Иностранцы допускались в страну весьма редко; торговля с соседними государствами была почти прекращена.