В 1641 году возле устья р. Киренги Хабаровым была построена мельница. Спустя непродолжительное время Хабаров начал испытывать давление воеводы Петра Головина, который требовал увеличения объёма урожая, который Хабаров отдавал ему по уговору. Позже Головин забрал всё имущество Хабарова и посадил его в Якутский острог, из которого тот вышел только в 1645 году. В 1648 году на смену Петру Головину пришёл воевода Дмитрий Андреевич Францбеков. Хабаров обратился к нему с прошением о направлении отряда в даурские земли, Францбеков ответил согласием. Он распорядился отправить отряд казаков под командованием Хабарова, кроме того — выдать военное снаряжение и оружие в кредит, а также выдал участникам похода деньги под проценты. В 1649—1653 гг. Хабаров с отрядом отправляется из Якутска в поход по Амуру от впадения в него реки Урки до низовий. Отряд Хабарова одержал многочисленные победы над местными даурскими и дючерскими князьями, захватив много пленных и скота. Результатом этого похода является принятие коренным приамурским населением русского подданства. В этом походе Хабаров составил «Чертёж реке Амуру», который явился первой европейской схематической картой Приамурья.