Кито был построен в конце I тысячелетия н. э. и являлся столицей индейского государства Киту. В XV в. он был завоеван инками.

В 1531 г. капитан Себастьян де Белалькасар захватил территорию, на которой был расположен древний индейский город, и основал на его месте испанское поселение Сан-Франсиско-де-Кито. Как утверждает хронист Сьеса де Леон: «Основал и заселил его [испанцами] Себастьян де Белалькасар, который потом стал губернатором и аделантадо провинции Попаян, именем императора дона Карлоса, нашего господина, при аделантадо доне Франсиско Писарро, губернаторе и капитан-генерале Королевств Перу, и провинций Новая Кастилия, в году 1534 от рождества нашего спасителя Иисуса Христа». Впоследствии название города стало использоваться в сокращенном варианте.

С установлением господства испанцев в столице и прилегающей местности началось активное подавление индейцев, которое закончилось установлением рабовладения. В 1592, 1765, 1809 гг. происходили восстания против испанских захватчиков. 29 мая 1822 г. восстание под предводительством Симона Боливара завершилось победой, и некогда испанская колония Кито объявила о своей независимости, после чего в 1826 г. вошла в состав Великой Колумбии.
В 1830 г. Эквадор вышел из колумбийской федерации, и столицей новообразованного государства стал Кито. В последующие десятилетия в городе, как и во всей стране, произошло несколько военных переворотов, социальная и экономическая обстановка оставалась нестабильной.

В 1979 г. к власти пришел Х. Рольдос, президент Эквадора, который стабилизировал политическую атмосферу города и ввел в действие новую конституцию. В 1984 г. президентом Эквадора стал Л. Фебрес Кордео. При нём значительно понизился жизненный уровень населения столицы. В последующие годы экономико-политическое состояние Кито значительно не улучшилось, 20 апреля 2005 года, в результате очередного бунта рабочих города, с поста президента страны был смещен Лусио Гутьеррес.