После ряда военных неудач в походах против Византии Борис принял решение в начале 860-х годов о принятии христианства своим народом и сам около 865 года был крещён под именем Михаила — в честь сына императрицы Феодоры. Продолжатель Феофана отмечает личную роль Феодоры в деле христианизации Болгарии, хотя, следуя агиографической традиции, основную причину крещения видит в избавлении болгар с помощью Бога от сильного голода. Причины принятия христианства были глубже. Во-первых, языческая религия мешала Болгарии во внешней политике, потому что все страны, с которыми Болгария заключала договоры, были христианскими - а разница в религиях очень часто использовалась как предлог для нарушения уже заключенных договоров. Во вторых, христианство давало возможность устранить разницу между болгарами и славянами, что сравнительно скоро привело к формированию единого этноса. Политическое признание Болгарии другими европейскими государствами, и утверждение единой власти внутри страны, были подлинными причинами принятия христианства. Из-за разногласий с патриархом Фотием, Борис І подчинил болгарскую церковь папе Николаю I. В 870 году после четырёхлетней унии с Римской церковью вернулся под омофор нового константинопольского патриарха Игнатия, который предоставил Болгарской епархии широкую автономию. В 886 году принял изгнанных из Великой Моравии учеников Кирилла и Мефодия.