Строительство православного храма в Пхеньяне началось по личному указанию лидера КНДР Ким Чен Ира после посещения им одной из церквей в ходе поездки на Дальний Восток России в 2002 году. Он неоднократно бывал на стройплощадке и лично следил за проведением строительных работ.

В июне 2006 года на имя Патриарха Московского и всея Руси Алексия поступило обращение председателя Православного Комитета КНДР Георгия - Хо Ир Дина - о принятии общины строящегося в Пхеньяне храма в лоно Русской Православной Церкви. В июле того же года Священный Синод Московской Патриархии принял решение учредить в каноническом ведении Патриарха Московского и всея Руси православный приход храма Живоначальной Троицы в Пхеньяне. С этого времени происходит регулярный обмен делегациями между Владивостокской епархией и Православным комитетом КНДР.

Двуглавое здание храма возводилось корейскими рабочими в течение двух лет. Колокола, иконы, церковную утварь пожертвовала Русская Церковь. Одной из святынь храма стала икона Святой Блаженной Матроны Московской, в которой есть частичка мощей, передает ИТАР-ТАСС.